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金属基复合材料国家重点实验室国家级上海市
主要研究方向：金属基复合材料(设计、制备、加工和应用过程的关键基础理论研究)；聚合物基复合材料；新型功能复合材料
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轻合金精密成型国家工程研究中心国家级上海市
主要研究方向：着重开展镁、铝、钛合金材料开发、精密成型技术及产业化等工作。
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癌基因及相关基因国家重点实验室国家级上海市
主要研究方向：进行人基因组研究，寻找和确定与癌相关的新的癌基因、抗癌基因、凋亡基因、生长因子及其受体基因等，并以肝癌癌变为重点，探索揭示肝癌的分子机理，进行基因治疗基础性研究，为生物治疗恶性肿瘤提供新途径。
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海洋工程国家重点实验室国家级上海市
主要研究方向：海洋工程结构物流体动力学；海洋工程现代强度理论与结构动力学；水下工程与深海技术；海洋工程先进试验技术；船舶与海洋工程结构物总体技术。
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汽车电子控制技术国家工程实验室国家级上海市
主要研究方向：着力构建从控制器到核心零部件，直至动力总成系统及整车的汽车电子“链式”开发环境。其中：控制器开发平台从控制器硬件设计和基础软件及操作系统的开发，到控制策略的硬件在环开发，直至控制器的试制及可靠性测试，涵盖了控制器开发的全过程。零部件开发平台围绕传统汽车及新能源汽车的关键核心零部件（发动机、变速箱、电机、电池），突出汽车关键零部件和子系统的研发，尤其是电控系统层面的研发、测试、验证与标定。动力总成及整车开发平台实现混合动力汽车动力总成系统和整车层面的全方位研发功能，包括系统集成、系统性能测试和验证、动力总成系统和整车的电控系统研发、硬件在环仿真、控制策略开发和验证、标定等。
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模具计算机辅助设计国家工程研究中心国家级上海市
主要研究方向：从事模具CAD以及先进制造领域内高水平科研和成果转化的研究开发机构。
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机械系统与振动国家重点实验室国家级上海市
主要研究方向：解决工程领域中有关机械结构和系统的振动、冲击、噪声及故障诊断学科前沿的基本理论、技术方法及工程应用问题，探索新的减振、防冲、降噪方法，探索新的振动和噪声的智能控制及预报方法，探索新的机械设备故障诊断理论及方法，发展相关的实验分析技术、信号处理技术以及新型软、硬件，提高机械设备性能指标、改善机械设备的力学状态与声学环境，以满足国民经济建设和国防建设迅速发展的需要振动、冲击、噪声；系统动力学与控制；信号处理与智能维护；现代设计理论与方法；机器人科学与技术；制造系统与控制
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微生物代谢国家重点实验室国家级上海市
主要研究方向：在现有研究基础上，对已克隆的多种微生物医用、农用、兽用药物如恶唑霉素, 杀念菌素、井冈霉素、伊维菌素、申嗪霉素等基因簇进行分子水平的研究，对重要微生物菌株作全基因测序，系统分析基因簇的结构、功能和组成特征，阐明各基因的特异作用，确定与主代谢基因之间的互作。弄清各个基因在转录和翻译两个水平的调控信号的分子特征及其组成操纵子的情况，揭示这些基因在细胞中表达时的“瓶颈”因子，阐明调节因子的调节网络及其环境因子对调节的影响和作用，获得潜在的全局性调控因子和一些关键酶的基因，为生物活性分子的高产和创新奠定分子基础。在对已知微生物药物生物合成途径全面了解的基础上，创造不同生物合成途径基因（簇）之间的交叉“对话”，利用基因工程手段设计出新的基因（簇）组合或形成新的生物合成途径。
通过基因（簇）的互作或改变基因簇的遗传信息组成来改变药物分子的分子量、增减或变化天然药物分子的基团结构与立体异构，激活或抑制支路代谢以改变药物分子的活性成份或比例，创造出非天然的“杂合”分子以开辟利用组合生物合成及遗传工程技术创新微生物药物, 包括作为免疫抑制剂，抗肿瘤及HIV的新途径。这种突破既可能是基础理论的突破，也具有应用前景，预期会对我国代谢工程的发展产生重要影响。
鉴定DNA硫修饰的分子结构，解释Dnd基因和DNA降解的关系，阐明DNA硫修饰的分子机理。研究DNA硫修饰在基因表达、DNA修复,限制和修饰方面的可能作为生物体保护自身遗传稳定性的机制，从而探索并揭示DNA硫修饰的生物学意义。
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国家深海技术试验大型科学仪器中心国家级上海市
主要研究方向： 国家深海技术试验大型科学仪器中心，以海洋深水试验池为核心设备。2013年，海洋深水试验池与造波机系统、水下粒子成像测速场仪、光学六自由度运动测量仪、SESAM软件、集中式数据采集控制系统、涡激振动试验装置等配套仪器，共同组成国家大型科学仪器中心平台，成为服务船舶与海洋工程学科科学研究的大平台。中心实行核心设备与配套设备的开放共享，为深海技术研究和发展提供试验服务。支撑船舶与海洋工程科学研究，实现社会效益和经济效益双丰收。
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医学基因组学国家重点实验室国家级上海市
主要研究方向：肿瘤干细胞研究研究APL白血病干细胞自我更新和分化的微环境因素；鉴定和识别前白血病干细胞和白血病干细胞及其特异的细胞和分子标志；建立和分析移植性人淋巴瘤-NOD/SCID小鼠播散/转移模型。
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