一、 染色质免疫共沉淀测序概述

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与新一代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。

ChIP-Seq首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建，然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

二、 染色质免疫共沉淀测序技术优势

检测覆盖范围广：全基因组范围内扫描目标区域；
检测分辨率高：更利于精确定位目标区域；
样本需要量低：需要的免疫沉淀后的DNA量可低至5-10ng；
可靠性好：避免了非特异性杂交，背景低；
性价比高：花费较少即可检测全基因组，获取准确丰富的信息。

三、 染色质免疫共沉淀测序研究内容

通过富集peak检测，研究转录因子、RNA 聚合酶或其它蛋白在基因组上结合位点及其相关基因。提取peak区域的序列，寻找结合位点的motif，并对peak 进行基因、CpG 岛、GO和KEGG 等注释和分析。对于多个样品，可进行差异分析；

用于组蛋白修饰的表观遗传学研究。通过不同的特异性抗体检测DNA链的某一位置会出现何种组蛋白修饰，以及组蛋白修饰与基因表达的关系。

研究流程示例

四、 染色质免疫共沉淀测序实验技术路线

ChIP-Seq实验流程

五、 样品要求（ChIP富集的DNA）

样品纯度：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间。
样品浓度：最低浓度不低于5ng/ul。
样品总量：每个样品总量不少于30ng。
DNA片段大小：长度分布小于500bp，峰在300bp左右。
样品溶剂：溶解在H20或low TE（pH8.0）中。
样品运输：低温运输 （-20℃）；建议用LoBind 管， parafilm将管口密封好，以免污染。

六、数据分析流程

七、数据分析内容

对ChIP-seq测序数据进行分析，包括数据预处理、基因组比对、比对结果相关统计、对于基因组的覆盖和深度、富集peak检测、富集peak在启动子和不同基因功能区的分布统计、富集peak区段Fasta序列提取、motif查找、相关注释和富集分析（基因、CpG岛、GO和KEGG等）。

1. 测序数据质量控制
包括：总reads数、总base数，Q20比例、Q20位点分布图。

2. 测序数据预处理
包括：去除总体质量偏低的reads；去除3’端质量Q值低于20的碱基；去除reads中所含有的接头序列；去除长度小于20的测序片段(reads)。

3. 全基因组mapping率

4. Peak查找
应用MACS软件对基因组mapping得到的bam文件进行peak 富集区查找。

5. Peak长度和染色体分布
Peak长度分布：

6. 对Peak进行基因和GO功能注释

7. 提取peaks区域的fasta序列并寻找结合motif

motif功能区示意图：

8. 客户定制分析

可根据客户的研究需求，协商定制个性化分析内容。

单位介绍

•        上海伯豪生物技术有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心根据国内外研发外包发展的需要，整合旗下系统技术平台、商业化服务体系、高素质服务团队等资源成立的致力于研发外包服务的专业化公司。

  上海伯豪生物技术有限公司拥有六大服务平台：生物样品分析平台、微阵列芯片平台、新一代测序平台、生物标志物平台、分子检测平台、生物信息平台，凭借高标准的技术平台和多样化的服务等竞争优势，公司向国内外企业和相关单位提供系统的生物学研究全面解决方案。目前正在为多达18家跨国制药企业（包括排名前10位的跨国制药企业）和超过3000家的国内科研机构、医院等提供基因表达谱、基因分型、比较基因组学、DNA甲基化、miRNA、生物标志物筛选及确认、生物信息等技术服务。 

  公司拥有一支以上海为基础，辐射全国的强大市场营销队伍和销售网络，已设立华北、华南、华东三个大区十五个办事处，推广公司的主导技术服务、代理产品，快速提升公司品牌的知名度，扩大影响力。过去10年承接项目数超过10000个，用户单位3000家以上，协助客户发表SCI论文700余篇（影响因子共计3000多分），全面推动了中国基因组学服务产业的发展。 

  公司建立了规模化的质量控制体系，通过了ISO9001: 2008质量技术体系的认证，并参照GLP-L的标准，通过128个SOP文件对项目、样品、实验过程、生物信息分析过程、数据信息管理、保密等进行严格质控。尤其是数据管理，做到异地备份，保密管理。为用户的数据真实性、可靠性提供了保证。

  公司的系统化技术平台和高质量的服务体系得到了广大客户认可和合作伙伴的高度评价。公司平台陆续获得了国际知名高通量技术厂商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技术服务中心认证。公司于2012年获得诺华（CNIBR）优秀供应商奖（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中国第一家认证的服务提供商，是Agilent公司在国内唯一认证的服务提供商，先后被授予“Agilent公司亚太区最佳服务供应商”和“Affymetrix公司优秀服务商”称号。

  
  

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