RNA Immunoprecipitation（RIP）是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能更有效地发现miRNA的调节靶点。RIP技术针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来。之后，经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序、芯片等高通量分析。

上海伯豪将RIP技术结合新一代测序技术，推出了RIP-SEQ服务，将有助于广大科研工作者更高通量地了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。

一、 RIP -SEQ实验基本原理：

• 用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。
• 防止非特异性的RNA的结合。
• 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。
• 结合的RNA序列通过高通量测序（RIP-Seq）方法来鉴定。

二、 上海伯豪RIP-SEQ数据分析服务内容：

• 原始数据的QC、数据预处理
• RIP-seq 分析
  1) 将reads比对到基因组：将预处理reads与reference genome进行mapping，最后得到mapping的sam结果文件，给出mapping结果统计。
  2) peak detect：应用sam文件进行peak富集区查找。
  3) motif detect：查找结合位点区结构特性，寻找转录因子结合区域的motif结构。
  4) 基因关联：应用结合位点区位置，确定其周围所涉及的基因。
  5) 关联基因GO差异分析：以参考基因组为背景集对结合位点关联基因进行GO富集分析。

单位介绍

•        上海伯豪生物技术有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心根据国内外研发外包发展的需要，整合旗下系统技术平台、商业化服务体系、高素质服务团队等资源成立的致力于研发外包服务的专业化公司。

  上海伯豪生物技术有限公司拥有六大服务平台：生物样品分析平台、微阵列芯片平台、新一代测序平台、生物标志物平台、分子检测平台、生物信息平台，凭借高标准的技术平台和多样化的服务等竞争优势，公司向国内外企业和相关单位提供系统的生物学研究全面解决方案。目前正在为多达18家跨国制药企业（包括排名前10位的跨国制药企业）和超过3000家的国内科研机构、医院等提供基因表达谱、基因分型、比较基因组学、DNA甲基化、miRNA、生物标志物筛选及确认、生物信息等技术服务。 

  公司拥有一支以上海为基础，辐射全国的强大市场营销队伍和销售网络，已设立华北、华南、华东三个大区十五个办事处，推广公司的主导技术服务、代理产品，快速提升公司品牌的知名度，扩大影响力。过去10年承接项目数超过10000个，用户单位3000家以上，协助客户发表SCI论文700余篇（影响因子共计3000多分），全面推动了中国基因组学服务产业的发展。 

  公司建立了规模化的质量控制体系，通过了ISO9001: 2008质量技术体系的认证，并参照GLP-L的标准，通过128个SOP文件对项目、样品、实验过程、生物信息分析过程、数据信息管理、保密等进行严格质控。尤其是数据管理，做到异地备份，保密管理。为用户的数据真实性、可靠性提供了保证。

  公司的系统化技术平台和高质量的服务体系得到了广大客户认可和合作伙伴的高度评价。公司平台陆续获得了国际知名高通量技术厂商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技术服务中心认证。公司于2012年获得诺华（CNIBR）优秀供应商奖（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中国第一家认证的服务提供商，是Agilent公司在国内唯一认证的服务提供商，先后被授予“Agilent公司亚太区最佳服务供应商”和“Affymetrix公司优秀服务商”称号。

  
  

单位资质

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