Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0芯片

最高分辨率的基因芯片，支持所有转录本异构体的全转录组分析
研究表明，数万个人类基因中包含了几万个外显子，他们产生了几十万个不同的转录本异构体。当基因的外显子在加工好的信使RNA中被保留或去除时，这些转录本异构体就产生了。选择性剪接的五个基本模式为:

• 外显子跳跃 ( Exon skipping )
• 选择性3' 端供体位点 ( Alternative3' donor sites )
• 互斥外显子 ( Mutually exclusive exons)
• 内盒子保留( Intronretention )
• 选择性 5'端供体位点 (Alternative 5' donorsites )

上海伯豪利用Affymetrix 最新开发的 GeneChip Human Transcriptome Array 2.0 芯片为您提供支持所有转录本异构 体的全转录组分析。同时，针对超过 40，000个非编码转录本的探针设计，还可帮助您对非编码 RNA进行分析。

芯片及服务特点

• 包含超过六百万条不同探针，覆盖编码和非编码转录本 。

• 芯片设计和注释的数据库来源包括：

• 该芯片为每个外显子设计约10条探针，每个外显子之间的剪接点有4条探针。确保每个实验室都能获得完整、准确和可重复的数据。

-个典型的基因 (LMNB1 ，如下图所示)包含了许多转录本异构体，测定每个转录本异构体相对丰度的变化为疾病和生物学研究提供 了新的启示. HTA提供了外显子和亚外显子水平的表这变化分析，同时能检测可变剪切所产生的转录本异构体.每个独特外显子区域 都设计了10条探针以检测一个篡因所有转录本异构体.此外，HTA为每个己知的可变剪切位点设计了 4条特异的探针(未在图中显示) ，每个基因平均有140条探针.通常 RNA-Seq实验只和RefSeq数据库进行比对分析，在这个例子中， LMNB1基因只有3个转录本异构体可以通过 RNA-Seq检测到（第2、3和13条转录本异构体)。HTA整合了多个数据库的内窑，实现了了所有的15个转录异构体的 全面分析。

• 与RNA-Seq比较数据：

对于RNA-Seq，测序的深度以及表达水平都影响精确性；GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0（HTA）无论转录本丰度高低均能提供精确的基因表达数据。

通过-个线性样本混合物模型( Linear Tissue MixtureModel)评估了所育外显子的表达水 平检测的准确性 ，该 模型根据预先设定的比例混合两个 RNA标准品. y轴是 检测错误或(D-Cν(B-A))的MAD (Mean Absolute Deviation， 平均绝对偏差)的绝对值，其中标准品 A= Universal Human Reference RNA(UHRR) ，AgilentTl hnologies，nI c.; 标准品B= Human Brain Reference RNA (HBRR) ，Life Technologies，n!c.; C=75%A+25% B; D=25%A+75%B。 HTA芯片提供的全转录组基因表达测定的准确性相当于 HiSeqT 2000系统上2个Lane测序数据所带来的准确性.

 RNA- Seq 的准确性取决于测序深度。 GeneChip Human Transcriptome Array 2.0( HTA)提供了准确的结果 ，真准确性相当于2个Lane的RNA-Seq数据。

通过一个线性样本混合物模型(Li near Tissue Mixture Model)评估了所有外显子的表达水平检测的准确性 ，该模型根据预先设定的比 例混合两个RNA标准品。 y轴:是检测错误或(D-C)j(B-A))的MAD (Mean Absolute Deviation，平均绝对偏差)的绝对值，其中标准品 A=Universal Human Reference RNA(UHRR) ，Agilent Technologies，Inc. ;标准品B=Human Brain Reference RNA(HBRR) ， Life Technologies ，lnc. ; C=75%A+25%B ; D=25%A +75%B. HTA芯片提供的全转录组基因表达测定的准确性相当于 HiSeq 2000 系统上2个Lane测序数据所带来的准确性.

• 重复性高（批内相关系数≥0.99），所有检测过的组织观察到的变异系数（CV）＜6.5%
• 样品类型既包括新鲜冻存样品，也包括FFPE样本。
• 完整的数据分析解决方案

利用Affymetrix Transcriptom Analysis Console ( TAC )软件迦行数据分析.
可提供更加简便而全面的数据分析:用于选行基因水 平、外显子水平、 可变剪接分析 ;操作简便，只需四步即可进行完整的生物信息 分析;能够更加直观的展示芯片中发现的重要差异基因;并能够发现、区分并展示不同 transcript isoforms ;同时，将结果与公用数 据库链接比对。

单位介绍

•        上海伯豪生物技术有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心根据国内外研发外包发展的需要，整合旗下系统技术平台、商业化服务体系、高素质服务团队等资源成立的致力于研发外包服务的专业化公司。

  上海伯豪生物技术有限公司拥有六大服务平台：生物样品分析平台、微阵列芯片平台、新一代测序平台、生物标志物平台、分子检测平台、生物信息平台，凭借高标准的技术平台和多样化的服务等竞争优势，公司向国内外企业和相关单位提供系统的生物学研究全面解决方案。目前正在为多达18家跨国制药企业（包括排名前10位的跨国制药企业）和超过3000家的国内科研机构、医院等提供基因表达谱、基因分型、比较基因组学、DNA甲基化、miRNA、生物标志物筛选及确认、生物信息等技术服务。 

  公司拥有一支以上海为基础，辐射全国的强大市场营销队伍和销售网络，已设立华北、华南、华东三个大区十五个办事处，推广公司的主导技术服务、代理产品，快速提升公司品牌的知名度，扩大影响力。过去10年承接项目数超过10000个，用户单位3000家以上，协助客户发表SCI论文700余篇（影响因子共计3000多分），全面推动了中国基因组学服务产业的发展。 

  公司建立了规模化的质量控制体系，通过了ISO9001: 2008质量技术体系的认证，并参照GLP-L的标准，通过128个SOP文件对项目、样品、实验过程、生物信息分析过程、数据信息管理、保密等进行严格质控。尤其是数据管理，做到异地备份，保密管理。为用户的数据真实性、可靠性提供了保证。

  公司的系统化技术平台和高质量的服务体系得到了广大客户认可和合作伙伴的高度评价。公司平台陆续获得了国际知名高通量技术厂商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技术服务中心认证。公司于2012年获得诺华（CNIBR）优秀供应商奖（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中国第一家认证的服务提供商，是Agilent公司在国内唯一认证的服务提供商，先后被授予“Agilent公司亚太区最佳服务供应商”和“Affymetrix公司优秀服务商”称号。

  
  

单位资质

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