唯一全面覆盖非编码&编码基因的表达谱芯片

      近年的研究表明基因的转录调控受到多种模式的影响，其中microRNA调控是重要的调控模式。现已发现，基因的转录后调控并不是简单的microRNA-mRNA的沉默机制，而是一个复杂的调控网络：很多非编码RNA分子富含microRNA结合位点，在细胞中起到miRNA海绵（miRNA sponge）的作用，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表达水平，这一作用机制被称为竞争性内源RNA（ceRNA）机制。而在ceRNA机制中，circRNA和lncRNA是最典型的miRNA海绵吸附体。因此，深入了解基于circRNA和lncRNA的ceRNA调控机制，有助于我们更好的理解个体发育或疾病发生发展过程中的精细调控机制，也有利于提示我们circRNA或者lncRNA在药物开发和疾病诊治中的应用前景。

芯片特点

• 芯片覆盖circRNA、lncRNA、mRNA。一份芯片数据同时提供三个层面的表达信息，circRNA和lncRNA作为典型的内源竞争性RNA，此款芯片可以让您畅游ceRNA调控研究。
• circRNA所有探针设计基于最新最全的国际主流circRNA数据库信息。
• 环状RNA -特异的反向剪接位点探针设计，保证每个探针检测的特异性，避免与母基因之间的冗余影响。
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• lncRNA及mRNA-探针设计基于最新基因组版本（human/GRCh38(hg38)），涵盖GENCODE V21、Ensembl 、UCSC、NONCODE、LNCipedia、lncRNAdb等核心lncRNA数据库；生物信息专家对来自上述数据库的全部lncRNA序列进行序列比对，去冗余，并对精简后的lncRNA序列设计特异探针，尤其对于有部分重叠序列的lncRNA与mRNA 进行了很好的处理。

芯片参数
 
 
数据分析流程

  
高级分析展示（部分）

ceRNA调控分析

      近年来，一些研究显示circRNA和lncRNA可作为miRNA的海绵吸附体，竞争靶向的mRNA，这类circRNA和lncRNA称为内源性竞争RNA（ceRNA）。ceRNA分析基于基因的表达值，通过回归模型分析以及种子序列匹配的方法，建立microRNA的海绵吸附作用的调控网络，找到核心的ceRNA。

ceRNA调控网络

 
注: 线代表不同的microRNA，蓝色为mRNA，红色为circRNA，绿色为lncRNA
 

lncRNA和mRNA共表达分析

      共表达网络图（Coexpression Network）是根据基因表达信号值的动态变化，计算基因间的共表达关系，得到基因间的表达调控关系及调控方向，从而构建基因的表达调控网络。通过研究lncRNA与mRNA的共表达关系，研究者可通过分析lncRNA调控能力，获得样本随实验变化的核心调控lncRNA。

 
lncRNA靶基因预测（cis，trans）

      选取与lncRNA距离小于10kb的gene作为cis作用的靶基因。Trans预测采用数据库是物种对应的gene序列数据库。

单位介绍

•        上海伯豪生物技术有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心根据国内外研发外包发展的需要，整合旗下系统技术平台、商业化服务体系、高素质服务团队等资源成立的致力于研发外包服务的专业化公司。

  上海伯豪生物技术有限公司拥有六大服务平台：生物样品分析平台、微阵列芯片平台、新一代测序平台、生物标志物平台、分子检测平台、生物信息平台，凭借高标准的技术平台和多样化的服务等竞争优势，公司向国内外企业和相关单位提供系统的生物学研究全面解决方案。目前正在为多达18家跨国制药企业（包括排名前10位的跨国制药企业）和超过3000家的国内科研机构、医院等提供基因表达谱、基因分型、比较基因组学、DNA甲基化、miRNA、生物标志物筛选及确认、生物信息等技术服务。 

  公司拥有一支以上海为基础，辐射全国的强大市场营销队伍和销售网络，已设立华北、华南、华东三个大区十五个办事处，推广公司的主导技术服务、代理产品，快速提升公司品牌的知名度，扩大影响力。过去10年承接项目数超过10000个，用户单位3000家以上，协助客户发表SCI论文700余篇（影响因子共计3000多分），全面推动了中国基因组学服务产业的发展。 

  公司建立了规模化的质量控制体系，通过了ISO9001: 2008质量技术体系的认证，并参照GLP-L的标准，通过128个SOP文件对项目、样品、实验过程、生物信息分析过程、数据信息管理、保密等进行严格质控。尤其是数据管理，做到异地备份，保密管理。为用户的数据真实性、可靠性提供了保证。

  公司的系统化技术平台和高质量的服务体系得到了广大客户认可和合作伙伴的高度评价。公司平台陆续获得了国际知名高通量技术厂商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技术服务中心认证。公司于2012年获得诺华（CNIBR）优秀供应商奖（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中国第一家认证的服务提供商，是Agilent公司在国内唯一认证的服务提供商，先后被授予“Agilent公司亚太区最佳服务供应商”和“Affymetrix公司优秀服务商”称号。

  
  

单位资质

暂无信息