该所创建于1950年5月。主要研究领域有:天然有机化学,生命有机化学,元素有机化学,金属有机化学,物理有机化学,材料化学,分析化学,谱学和计算机化学。1991年建立了生命有机国家级重点实验室;1989年建立了中国科学院金属有机化学开放实验室,2002年升级为金属有机化学国家重点实验室;1989年与中国科学院北京化冶所联合建立了中国科学院计算机化学开放实验室。现有职工近600人,先后拥有12位中国科学院院士,现有8位;有近百位高级科技人员,在学研究生323人,博士后28人。有机所一贯重视先进的分析技术的建立和应用,于1959年成立了分析室,在国内率先建立了有机元素微量分析,红外光谱分析,核磁共振分析和有机质谱分析等分析技术。经几十年坚持不懈的努力,有机所分析室已拥有比较先进和齐全的分析仪器设备和一支训练有素的分析测试专业队伍。曾以质量、精确的测试数据赢得广泛的信誉。1994年建立了分析测试中心,同年通过国家计量认证。